CP2K使用说明

yorda

应用简介

CP2K是一个开源的量子化学和固体物理软件包，可以对固态、液体、分子、周期性、材料、晶体和生物系统进行原子级模拟。

使用指南

公共集群中CPU版本的CP2K安装路径为 /opt/app/cp2k 。

以下为脚本示例：

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=cp2k
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks-per-node=64
#SBATCH --output=%j.out
#SBATCH --error=%j.err

module load cp2k/9.1/cpu

INPUT_FILE=H2O-256.inp
mpirun -np $SLURM_NTASKS -x OMP_NUM_THREADS=1 cp2k.psmp ${INPUT_FILE}

INPUT_FILE=H2O-256.inp 请将H2O-256.inp修改为自己的输入文件。
-np $SLURM_NTASKS指定并行任务的数量为 SLURM_NTASKS 的值。
-x OMP_NUM_THREADS=1 设置OpenMP线程数为1，可以根据自己需要修改。
cp2k.psmp 是CP2K的可执行文件。

保存脚本为cp2k.sh，提交作业：

sbatch cp2k.sh

使用 Singularity 运行

创建 cp2k 工作目录
```
  cd ~
  mkdir cp2k && cd cp2k
```
上传输入文件 H2O-128.inp 至工作目录

交互式运行示例

  salloc -n 64
  source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
  export PATH=$PATH:/opt/app/singularity/bin
  singularity run -B $PWD /opt/app/singularity/sif/cp2k_2023.2.sif mpirun -n 64 -genv OMP_NUM_THREADS=1 cp2k -i H2O-128.inp |tee H2O-128.out

批处理运行作业脚本示例

  #!/bin/bash
  #SBATCH --nodes=1
  #SBATCH --job-name=cp2k
  #SBATCH --ntasks-per-node=64

  cd ~/cp2k
  source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64
  export PATH=$PATH:/opt/app/singularity/bin
  singularity run -B $PWD /opt/app/singularity/sif/cp2k_2023.2.sif mpirun -n 64 -genv OMP_NUM_THREADS=1 cp2k -i H2O-128.inp |tee H2O-128.out

常见问题

出现 mpirun: command not found 错误
脚本中增加 source /opt/intel/bin/compilervars.sh intel64 设置环境变量。