LAMMPS
应用介绍
LAMMPS 即Large-scale Atomic/Molecular Massively Parallel Simulator，大规模原子分子并行模拟器，主要用于分子动力学相关的一些计算和模拟工作。
使用指南
在集群中安装有CPU版和GPU版lammps，安装路径为 /opt/app/lammps/17Feb2022/ 。
- 建立脚本文件。
vim lammps_job.sh
- 在脚本文件内添加如下内容后保存：
CPU版本：
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12
INPUT=bench.in
OUTPUT=bench.out
module load lammps/17Feb2022/cpu
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} \
lmp_intel_cpu_intelmpi -in ${INPUT} -log ${OUTPUT}
GPU版本：
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12
#SBATCH --partition=gpu-a800
#SBATCH --gres=gpu:2
INPUT=bench.in
OUTPUT=bench.out
module load lammps/17Feb2022/gpu
mpirun -np ${SLURM_NTASKS} \
lmp_intel_cpu_intelmpi_cuda -sf gpu -pk gpu 2 -in ${INPUT} -log ${OUTPUT}
注意： 运行GPU版的lampps需要在脚本中指定有GPU卡的分区。
用 sbatch 提交脚本。
$ sbatch lammps_job.sh
作业结束后，可以在 bench.out 中查看输出结果。
