应用简介
VASP全称Vienna Ab-initio Simulation Package,是维也纳大学Hafner小组开发的进行电子结构计算和量子力学-分子动力学模拟软件包。
VASP可以使用CPU集群来多节点运行,也可以使用GPU集群使用专业显卡加速计算。
使用指南
平台安装有CPU版和GPU版,安装路径分别为 /opt/app/vasp/版本号
和 /opt/app/vasp/版本号_gpu/
。
具体有哪些版本,可以 ls /opt/app/vasp
查看。
创建VASP的输入文件路径:
mkdir vasp_data && cd
运行VASP所需的文件上传至该路径下,并在该路径下创建sbatch脚本。
CPU版的多节点脚本作业示例内容如下:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="vasp_cpu"
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12
#SBATCH --output=./vasp_data/myout.file
#SBATCH --error=%j.err
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
module load app/vasp/5.4.4/cpu
cd ~/vasp_data
mpirun vasp_std
GPU版的多节点脚本作业示例内容如下:
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name="vasp_gpu"
#SBATCH --partition=gpu
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12
#SBATCH --gres=gpu:2
#SBATCH --output=./vasp_data/myout.file
#SBATCH --error=%j.err
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
module load app/vasp/5.4.4/gpu
cd ~/vasp_data
mpirun vasp_gpu
选择其中一种方式在对应的集群中提交作业,作业执行结束后,可在数据路径下查看输出。
module load
中5.4.4
版本号根据平台中实际安装的VASP版本号修改。可以通过module avail
查看。
常见问题
- 有一些版本的VASP,如果节点上还有别的作业在运行,会报MPI错误的情况,这时需要在脚本中加入如下参数将作业运行模式设置为独占模式。
#SBATCH --exclusive
在这种情况下,作业将独占整个节点,不与其他作业共享资源。这意味着,只有该作业可以在节点上运行,其他作业无法与之共享节点的 CPU、内存、GPU 等资源。
需要注意的是,使用 --exclusive 选项时,为了避免浪费资源,请将节点的资源申请满。比如节点是24核的,则将--ntask-per-node
设置为24。