应用介绍
NAMD于上世纪90年代末诞生于伊利诺伊大学香槟分校的理论与计算生物物理研究组，由Klaus Schulten带领的研究团队主导开发。NAMD的开发者将该软件的最重要特色定位为可扩展性，专门针对大规模高性能并行计算，与大多数同类软件不同，NAMD的并行模式建立在Charm++提供的并行框架之上。Charm++是伊利诺伊大学并行编程实验室开发的并行编程框架，是一种面向对象、跨平台的C++库，为NAMD及多个其他领域的科学计算软件提供了坚定的基石。
使用指南
平台安装有CPU版和GPU版，软件路径分别为 /opt/app/NAMD/版本号和/opt/app/NAMD/版本号_gpu
具体是哪些版本，可以 ls /opt/app/NAMD 详细查看。
创建NAMD的输入文件目录：
mkdir -p $HOME/namd_data && cd $HOME/namd_data
公共集群中的demo实例路径：$HOME/share/test/namd
拷贝demo程序到当前用户的目录中
cp -r $HOME/share/test/namd $HOME/namd_data
cd $HOME/namd_data/namd/namd-tutorial-files/3-1-pullcv
输入文件
蛋白质数据库（pdb）文件，用于存储系统的原子坐标和速度。
蛋白质结构文件（psf），用于存储蛋白质的结构信息。
力场参数文件,力场是系统中原子所经历的势的数学表达式。
配置文件,在其中指定 NAMD 在运行模拟时应采用的所有选项。
demo程序中已经给出了输入文件
[test@workstation 3-1-pullcv]$ ll
total 672
drwxr-xr-x 2 test test 4096 Mar 26 11:35 example-output
-rw-r--r-- 1 test test 775 Mar 26 11:42 ft.tcl
-rwxr-xr-x 1 test test 182863 Mar 26 11:42 par_all27_prot_lipid.inp
-rwxr-xr-x 1 test test 291471 Mar 26 11:42 ubq.psf
-rwxr-xr-x 1 test test 94862 Mar 26 11:42 ubq_ww_eq.pdb
-rwxr-xr-x 1 test test 94862 Mar 26 11:42 ubq_ww_eq.ref
-rwxr-xr-x 1 test test 3868 Mar 26 11:42 ubq_ww_pcv.conf
[test@workstation 3-1-pullcv]$
作业模板
CPU版的多节点脚本作业示例内容如下：
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=NAMD_demo
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=12
#SBATCH --output=$HOME/namd_data/output
#SBATCH --error=%j.err
module load mpi/openmpi/4.0.4/gcc/4.8.5
cd $HOME/namd_data/namd/namd-tutorial-files/3-1-pullcv
mpirun /opt/app/NAMD/2.14b1/namd2 ubq_ww_pcv.conf > ubq_ww_pcv.log
参考链接
NAMD TUTORIAL April 2017
