应用介绍
AMBER 是专门针对生物分子系统模拟而开发的分子动力学应用程序。
使用指南
平台安装的软件路径在 /opt/app/Amber/版本号
具体是哪些版本，可以 ls /opt/app/Amber 详细查看。
创建Amber的输入文件目录：
mkdir -p $HOME/amber_data && cd $HOME/amber_data
公共集群中的demo实例路径：$HOME/share/test/amber
拷贝demo程序到当前的目录中
cp -r $HOME/share/test/amber $HOME/amber_data && cd $HOME/amber_data
作业模板
使用amber20版本1核运行
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_demo ## 指定作业名为Amber_demo
#SBATCH --partition=cpu ## 指定队列为cpu
#SBATCH --nodes=1 ## 指定该作业需要一个节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=1 ## 指定每个节点所运行的进程数为1
### 加载环境
module load app/amber/20/cpu
### 进入工作目录
cd $HOME/amber_data/amber/
### 程序的执行命令
sander -O -i min.in -o min.out -p prmtop -c inpcrd -r min.rst
sander -O -i heat.in -o heat.out -p prmtop -c min.rst -r heat.rst
sander -O -i prod.in -o prod.out -p prmtop -c heat.rst -r prod.rst -x prod.crd -v prod.vel -inf prod.info
使用amber20版本16核运行
#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_demo ## 指定作业名为Amber_demo
#SBATCH --partition=cpu ## 指定队列为cpu
#SBATCH --nodes=1 ## 指定该作业需要一个节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16 ## 指定每个节点所运行的进程数为16
### 加载环境
module load mpi/openmpi/4.0.4/gcc/4.8.5
module load app/amber/20/cpu
### 进入工作目录
cd $HOME/amber_data/amber/
### 程序的执行命令
mpirun -np 16 sander.MPI -O -i min.in -o min.out -p prmtop -c inpcrd -r min.rst
mpirun -np 16 sander.MPI -O -i heat.in -o heat.out -p prmtop -c min.rst -r heat.rst
mpirun -np 16 sander.MPI -O -i prod.in -o prod.out -p prmtop -c heat.rst -r prod.rst -x prod.crd -v prod.vel -inf prod.info
