应用介绍
Rosetta 是用于模拟大分子结构的综合软件套件。作为一个灵活的多用途应用程序,它包括用于蛋白质和核酸结构预测、设计和重塑的工具。
使用指南
平台安装路径为/opt/app/rosetta
创建一个rosetta的工作目录
mkdir -p $HOME/rosetta
把测试demo复制到工作目录
cp -r /opt/app/rosetta/main/demos/tutorials/Relax_Tutorial/ ./
脚本作业示例内容如下:
#!/bin/bash
# 指定作业名为rosetta_demo
#SBATCH --job-name=rosetta_demo
# 指定队列为cpu
#SBATCH --partition=cpu
# 指定该作业需要一个节点数
#SBATCH --nodes=1
# 指定每个节点所运行的进程数为1
#SBATCH --ntasks-per-node=1
# 加载环境
export ROSETTA=/opt/app/rosetta
export ROSETTA3_DB=$ROSETTA/main/database
export ROSETTA_BIN=$ROSETTA/main/source/bin
export PATH=$PATH:$ROSETTA_BIN
export LD_LIBRARY_PATH=$ROSETTA/main/source/bin:$LD_LIBRARY_PATH
# 进入到工作目录
cd $HOME/rosetta
# 执行程序的命令,根据指定的输入文件对蛋白质结构进行评分和构象优化,并生成相应的输出文件。
cd Relax_Tutorial/
score_jd2.default.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _crystal @crystal_score_flags
relax.default.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -out:suffix _relaxed @general_relax_flags
示例运行结果:
score_crystal.sc 关于蛋白质结构的评分结果
1ubq_relaxed_0001.pdb 在理论模拟中生成的蛋白质结构的原子坐标信息