RoseTTAFold-All-Atom、rf_diffusion_all_atom 使用说明

xwhuan

应用介绍

RoseTTAFold All-Atom 是一种生物分子结构预测神经网络，可以预测广泛的生物分子组装，包括蛋白质、核酸、小分子、共价修饰和金属，如 RFAA 论文中所述。
RFAA 并非对所有情况都准确，但会产生有用的误差估计，使用户能够识别准确的预测。

使用说明

申请节点

salloc -p small -n 16
ssh cpuXX       ## 申请到的对应cpu

运行准备

source /opt/app/anaconda3/bin/activate
conda activate RFAA
mkdir -p $HOME/RoseTTAFold-All-Atom
cd /opt/app/RoseTTAFold-All-Atom
cp -r !(dataset|uniclust|pdb100_2021Mar03) $HOME/RoseTTAFold-All-Atom
cd $HOME/RoseTTAFold-All-Atom
ln -sf /opt/app/RoseTTAFold-All-Atom/dataset/pdb100_2021Mar03/ pdb100_2021Mar03

运行命令

# 预测蛋白质单体示例
python -m rf2aa.run_inference --config-name protein
   
# 预测蛋白质核酸复合物示例
python -m rf2aa.run_inference --config-name nucleic_acid

# 预测蛋白质小分子复合物示例
python -m rf2aa.run_inference --config-name protein_sm
 
# 预测高阶复合物示例
python -m rf2aa.run_inference --config-name protein_na_sm

参考链接

xwhuan

rf_diffusion_all_atom

使用说明

申请节点

salloc 
ssh cpuXX

运行准备

mkdir -p $HOME/rf_diffusion_all_atom
cd /opt/app/rf_diffusion_all_atom/
cp -r !(rf_se3_diffusion.sif) $HOME/rf_diffusion_all_atom
cd $HOME/rf_diffusion_all_atom
ln -s /opt/app/rf_diffusion_all_atom/rf_se3_diffusion.sif  rf_se3_diffusion.sif

运行命令

# 小分子粘结剂设计示例
/opt/app/apptainer/bin/apptainer run rf_se3_diffusion.sif -u run_inference.py inference.deterministic=True diffuser.T=100 inference.output_prefix=output/ligand_only/sample inference.input_pdb=input/7v11.pdb contigmap.contigs=[\'150-150\'] inference.ligand=OQO inference.num_designs=1 inference.design_startnum=0

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