应用介绍
GROMACS是一个用于分子动力学模拟和能量最小化的计算引擎。它可以用分子动力学、随机动力学或者路径积分方法模拟溶液或晶体中的任意分子,进行分子能量的最小化,分析构象等。
Gromacs可以使用CPU和GPU来进行计算,在使用GPU时,单GPU卡的运行效率最高,因此建议使用单卡GPU进行运算。
使用指南
平台安装有CPU版和GPU版,安装路径分别为/opt/app/gromacs/2022.1/cpu和/opt/app/gromacs/2022.1/gpu。
如果没有平台作业提交的经验,可以先打开 帮助中心 - 作业系统 部分,了解作业提交的基本概念和操作方法。
提交CPU版本作业
1. 准备个人的输入文件gromacs_cpu.tpr。
2. 创建脚本文件 gromacs_job.sh
,在脚本文件中添加如下内容,并保存。
#!/bin/bash
### 表示这是一个bash脚本
#SBATCH --job-name=test
### 该作业的作业名
#SBATCH --nodes=1
### 该作业需要1个节点
#SBATCH --cpus-per-task=10
### 该作业需要10个CPU
#SBATCH --partition=cpu
### 该作业在cpu分区中提交
export PATH=/opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/bin:$PATH
export PATH=/opt/app/gromacs/2022.1/cpu/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
### 加载cpu版本的gromacs必要运行环境
INPUT=gromacs_cpu.tpr
OUTPUT=gromacs_cpu.log
gmx_mpi mdrun -nt ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -s ${INPUT} -g ${OUTPUT}
### 指定输入、输出文件,并运行gromacs任务
提交GPU版本作业
1. 准备个人的输入文件gromacs_gpu.tpr。
2. 创建脚本文件 gromacs_job.sh
,在脚本文件中添加如下内容,并保存。
#!/bin/bash
### 表示这是一个bash脚本
#SBATCH --job-name=test
### 该作业的作业名
#SBATCH --nodes=1
### 该作业需要1个节点
#SBATCH --cpus-per-task=10
### 该作业需要10个CPU
#SBATCH --partition=gpu
### 该作业在gpu分区中提交
#SBATCH --gres=gpu:1
### 申请1块GPU卡
export PATH=/opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/bin:$PATH
export PATH=/opt/app/gromacs/2022.1/gpu/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/opt/app/cuda/12.2/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
### 加载gpu版本的gromacs必要运行环境
INPUT=gromacs_gpu.tpr
OUTPUT=gromacs_gpu.log
gmx_mpi mdrun -nt ${SLURM_CPUS_PER_TASK} -s ${INPUT} -g ${OUTPUT}
### 指定输入、输出文件,并运行gromacs任务