使用说明
在 RStudio 页面右下角,点击 ”Packages“ 可以查看已安装的包的信息,还可以搜索查询。
点击包前面的框打勾可以快捷加载R包。
常用安装
使用 install.packages()
来安装 R 包, R 会自动连接到 CRAN(Comprehensive R Archive Network) 并下载安装所需的包及其依赖项。
例如,如果要安装 ggplot2 包
install.packages(“ggplot2”)
library(ggolot2)
安装完成后使用 library()
来加载下载好的包
Bioconductor - 生物信息学专属
很多的R包可能与与生物大数据分析及可视化相关,需要去网站 Bioconductor , https://www.bioconductor.org/ 下载,也可以用 BiocManager::install()
方法安装。
1.首先,检查是否已安装BiocManager包,如果没有,可以使用以下代码安装。
if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
install.packages("BiocManager")
2.然后,使用BiocManager::install()方法安装特定的Bioconductor包,例如安装clusterProfiler包。
BiocManager::install("clusterProfiler")
加载并检查包是否正常工作
library(clusterProfiler)
devtools - 从 GitHub 安装
如果R包在GitHub上有开发版本,可以使用devtools包安装。
安装devtools包。
install.packages("devtools")
加载devtools
library(devtools)
用 devtools 安装R包
devtools::install_github("库名/包名")
从 GitHub 安装一个包(比如 ggplot2)时,R 会检查该包所依赖的其他 R 包是否满足版本要求。如果发现某些依赖包有更高版本可用,它会建议你更新这些包。
等待一段时间后可以看到安装成功
也可以使用githubinstallR,专门负责从GitHub安装R包,需要提供仓库名
install.packages("githubinstall")
library(githubinstall)
例如,Twitter,Inc在Github上提供的AnomalyDetection包
install_github("twitter/AnomalyDetection")
手动安装
手动安装方法一般用于前三种方法无法安装时,首先需要去官网下载自己需要的R包压缩文件。
在Rstudio的主界面中找到Tools-->Install Packages-->Install from 找到R包压缩文件的位置并选中
使用命令安装
install.packages('R包所在的路径/R包文件名.tar.gz', repos= NLL, type='source')