应用软件 | AMBER_24

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应用介绍

AMBER（Assisted Model Building with Energy Refinement）是一套用于分子模拟和分子动力学（MD）模拟的开源软件包，主要用于蛋白质、核酸、脂质和其他生物分子系统的研究。它的核心功能包括分子动力学模拟、能量最小化、自由能计算等。AMBER由多个模块组成，每个模块针对特定类型的计算进行优化，广泛应用于药物设计、蛋白质折叠、分子识别等领域。

加载环境

## base_lib
source /opt/app/base_lib/base_lib.sh
## gcc
source /opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/gcc_9.5.0.sh
## intel
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
## amber
source /opt/app/amber/24/amber.sh

使用说明

申请资源

salloc --nodes=1 --ntasks=16 --gres=gpu:4

示例测试文件

amber-demo.zip

cpu 作业提交

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_demo                ## 指定作业名为Amber_demo
#SBATCH --nodes=1                            ## 指定该作业需要一个节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16                  ## 指定每个节点所运行的进程数为16

### 加载环境
source  ~/.bashrc
source /opt/app/base_lib/base_lib.sh
source /opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/gcc_9.5.0.sh
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
source /opt/app/amber/24/amber.sh


### 进入工作目录
cd $HOME/amber_demo

### 程序的执行命令
mpirun -np 16  sander.MPI -O -i min.in -o min.out -p prmtop -c inpcrd -r min.rst
mpirun -np 16  sander.MPI -O -i heat.in -o heat.out -p prmtop -c min.rst -r heat.rst
mpirun -np 16  sander.MPI -O -i prod.in -o prod.out -p prmtop -c heat.rst -r prod.rst -x prod.crd -v prod.vel -inf prod.info

gpu作业提交

#!/bin/bash
#SBATCH --job-name=Amber_demo                ## 指定作业名为Amber_demo
#SBATCH --nodes=1                            ## 指定该作业需要一个节点数
#SBATCH --ntasks-per-node=16                   ## 指定每个节点所运行的进程数为16
#SBATCH --gres=gpu:4                         ## 请求4张GPU卡
#SBATCH --partition=gpu

### 加载环境
source  ~/.bashrc
source /opt/app/base_lib/base_lib.sh
source /opt/app/gcc/9.5.0_gcc4.8.5/gcc_9.5.0.sh
source /opt/intel/oneapi/setvars.sh
source /opt/app/amber/24/amber.sh

### 加载cuda ,（ 需要加载cuda12.2版本，在/opt/app/cuda目录下，换成对应版本）
export PATH=/usr/local/cuda/bin:$PATH
export LD_LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LD_LIBRARY_PATH
export LIBRARY_PATH=/usr/local/cuda/lib64:$LIBRARY_PATH



### 进入工作目录
cd $HOME/amber_demo

### 程序的执行命令
## 能量最小化不支持gpu并行
pmemd.cuda -O -i min.in -o min.out -p prmtop -c inpcrd -r min.rst
mpirun -np 4  pmemd.cuda_SPFP.MPI -O -i heat.in -o heat.out -p prmtop -c min.rst -r heat.rst
mpirun -np 4  pmemd.cuda_SPFP.MPI -O -i prod.in -o prod.out -p prmtop -c heat.rst -r prod.rst -x prod.crd -v prod.vel -inf prod.info