应用介绍
Samtools 是一款非常流行的生物信息学工具，主要用于处理和操作SAM（Sequence Alignment/Map）和BAM（Binary Alignment/Map）格式的文件。SAM 和 BAM 文件通常用于存储基因组测序的比对数据，这些文件由各种测序平台（如 Illumina、PacBio、Oxford Nanopore）生成。
Samtools 提供了一个丰富的命令集，涵盖了从文件格式转换到数据操作、索引和过滤等方面的各种功能。
加载环境
export PATH=/opt/app/samtools/1.21/bin:$PATH
使用说明
示例文件
NA12877_S1.bam_122G
运行示例(有足够空间)
samtools view -h https://storage.googleapis.com/genomics-public-data/platinum-genomes/bam/NA12877_S1.bam chr20:100000-400000 > test.sam
测试基本命令
samtools --help
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