常见问题 | 如何在集群中安装R语言包、提交R作业 - hpc.cloud

常见问题 | 如何在集群中安装R语言包、提交R作业

xwhuan

问题描述：

用户想要在集群环境下提交 R 作业，同时需要在集群中安装 R 语言包。

处理方法：

建议在集群使用 conda 来管理 R 环境，它可以用最简单的方式帮助用户解决 R 包复杂的依赖问题。

一、创建个人 conda 环境

加载 conda 基础环境
```
source /opt/app/anaconda3/bin/activate
```
查看当前已有 conda 环境
```
conda info --envs
```
创建个人 conda 环境，环境名自定义，不可与已有环境名重复。
```
conda create -n my_env -y
```

二、在个人 conda 环境安装R包

加载个人 conda 环境
```
conda activate my_env
```

安装合适版本的R语言包，例如 R-4.2.0 版本，可以用 conda 搜索 r-base 版本（部分版本可能搜索不到）

conda install r-base=4.2.0

conda search r-base

Loading channels: done
# Name                       Version           Build  Channel    
...        
r-base                         3.6.1      hce969dd_0  pkgs/r              
r-base                         4.2.0      h1ae530e_0  pkgs/r              
r-base                         4.3.1      h1ae530e_0  pkgs/r

也可以在conda官网搜索，后面安装R软件包也通过这种方式获取命令
```
https://anaconda.org/search?q=r-base
https://anaconda.org/conda-forge/r-base
```

三、安装R包软件

一般有两种常见方式，一种是通过 Conda 安装，另一种是通过R 环境直接安装。
通过conda安装
通过在上面的anaconda安装网址搜索需要的r包，然后用conda命令安装，例如安装ggplot2
```
conda install conda-forge::r-ggplot2 
```

通过R环境安装

R环境安装软件容易出现版本、网络镜像、缺少依赖包等问题，需要根据error一个一个安装解决，不太推荐。
加载个人conda环境后，可以在命令行输入 R 进入环境，然后使用函数安装。
```
install.packages("XXX")
```

对于一些来自于Bioconductor的包，通常可以通过BiocManager进行安装

if (!requireNamespace("BiocManager", quietly = TRUE))
    install.packages("BiocManager")
BiocManager::install("XXX")

xwhuan

问题描述：

用户如何在平台集群提交R作业

处理方法：
在 “用户平台” - “集群” - “作业模板” 中选择 R 模板。
填写作业名称
修改合适的资源
修改模板的脚本内容，选择个人conda env。
再修改 R脚本，最后点击下方的提交作业即可。

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