应用介绍
Rosetta 软件套件包括用于蛋白质结构的计算建模和分析的算法。它使计算生物学取得了显着的科学进步，包括从头蛋白质设计、酶设计、配体对接以及生物大分子和大分子复合物的结构预测。
使用指南
软件路径
/opt/app/rosetta
环境变量
export PATH=/opt/app/rosetta/main/source/bin:$PATH
使用示例
拷贝demo实例
cp -r /opt/app/rosetta/main/demos/tutorials/Relax_Tutorial $HOME
申请gpu资源
salloc -p <gpu-partition> --gres=gpu:1
登陆到申请的节点后，执行命令
export PATH=/opt/app/rosetta/main/source/bin:$PATH
cd Relax_Tutorial/
运行测试脚本 (蛋白质的结构放松)
relax.static.linuxgccrelease -s 1ubq.pdb -relax:constrain_relax_to_start_coords -relax:coord_constrain_sidechains -relax:ramp_constraints false -ex1 -ex2 -use_input_sc -flip_HNQ -no_optH false @general_relax_flags
可以看到测试结果
参考链接
Rosetta：Getting started
