应用介绍
RFdiffusion All-Atom是基于RFdiffusion开发的。实验室测试证实，RFdiffusion All-Atom可以用来生成具有与特定化合物结合的口袋的蛋白质，包括类固醇药物digoxigenin、富含铁的血红素分子，以及植物用于吸收阳光的化学物质。这些设计出的全新蛋白已经通过晶体学和实验验证，可以与上述化合物结合。RFAA在预测蛋白质-小分子复合物时，除了预测蛋白的主链和侧链外，还预测了小分子的结合位置。在蛋白质数据库（PDB）中对完整生物组装体的结构进行训练后，RFAA 具有与 AF2 相当的蛋白质结构预测准确性，在 CAMEO 中具有出色的灵活骨架小分子对接性能，并且对蛋白质共价修饰以及具有多个核酸链和小分子的蛋白质组装具有合理的预测准确性。
使用指南
软件路径
/opt/app/rf_diffusion_all_atom
使用示例
- 拷贝软件
cp -r /opt/app/rf_diffusion_all_atom $HOME
- 申请资源
salloc -p <gpu-partition> --gres=gpu:1
ssh gpuXX
- 执行程序 （小分子结合剂设计）
cd $HOME/rf_diffusion_all_atom
/opt/app/singularity/bin/singularity exec -B /opt/app/rf_diffusion_all_atom:/opt/app/rf_diffusion_all_atom /opt/app/rf_diffusion_all_atom/rf_se3_diffusion.sif python run_inference.py inference.deterministic=True diffuser.T=100 inference.output_prefix=output/ligand_only/sample inference.input_pdb=input/7v11.pdb contigmap.contigs=[\'150-150\'] inference.ligand=OQO inference.num_designs=1 inference.design_startnum=0
- 查看结果
cat $HOME/rf_diffusion_all_atom/output/ligand_only/sample_0.pdb # 设计 PDB
cat $HOME/rf_diffusion_all_atom/output/ligand_only/traj/sample_0_Xt-1_traj.pdb # 部分去噪的中间结构
cat $HOME/rf_diffusion_all_atom/output/ligand_only/traj/sample_0_pX0_traj.pdb # 网络在每个步骤中对 Ground Truth 所做的预测
