应用介绍
ProteinMPNN 是一个基于机器学习的蛋白质设计工具，它利用神经网络模型来预测蛋白质的三维结构。 该项目由 dauparas 开发，旨在通过开源方式促进蛋白质设计领域的研究和发展。 ProteinMPNN 的核心优势在于其高效性和准确性，能够帮助研究人员快速生成高质量的蛋白质模型。 该脚本将加载预训练模型并生成一个蛋白质结构。
使用指南
软件路径
/opt/app/ProteinMPNN
/opt/app/anaconda3/envs/mlfold
使用示例
- 申请资源
salloc -p <gpu-partition> --gres=gpu:1
ssh gpuXX
- 加载环境
source /opt/app/anaconda3/bin/activate
conda activate mlfold
- 运行demo程序 （蛋白质序列生成）
python /opt/app/ProteinMPNN/protein_mpnn_run.py --pdb_path /opt/app/ProteinMPNN/inputs/PDB_complexes/pdbs/3HTN.pdb --pdb_path_chains A --out_folder $HOME/outputs/ --num_seq_per_target 10 --sampling_temp 0.1 --seed 42
- 查看结果
参考链接
porteinMPNN
